La voie traditionnelle de valorisation des déjections animales a toujours été l'épandage. Ce qui est aujourd'hui considéré comme un problème, a jadis fait l'objet de convoitise et la lutte contre le vol de fumier faisait partie des réclamations exprimées par les paysans dans les cahiers de doléances. L'organisation actuelle de l'élevage, par grands bassins de production spécialisés et l'importation d'aliments en provenance d'autres zones conduisent à des surplus d'éléments minéraux, notamment azote et phosphore. Ces surplus entraînent la pollution des nappes et eaux de surface. Les émissions d'odeurs sont de moins en moins acceptées. Plus récemment,la pollution de l'air d'origine agricole (ammoniac et gaz à effet de serre) fait l'objet d'une surveillance accrue de la communauté internationale et se traduira progressivement par un durcissement de la réglementation : protocoles de Göteborg et Kyoto, directive européenne sur les plafonds d'émission (tableau 1). L'examen des initiatives réglementaires (européennes et nationales) en cours permet de dégager les lignes de force des évolutions prévisibles à moyen et long termes : 1. « décloisonnement » de l'appréciation de l'impact environnemental des élevages : au souci de protection des eaux vont s'ajouter ceux de qualité de l'air, de protection des sols, de santé publique dans une démarche globalisante de protection de l'environnement dans son ensemble ; 2. diversification des facteurs polluants pris en considération : phosphore et autres nutriments (en additionnant l'organique et le minéral), phytosanitaires, gaz à effet de serre, ammoniac, métaux, micro-organismes pathogènes ; 3. hiérarchisation des solutions à apporter en toutes circonstances aux problèmes de résidus (prévenir, réduire, recycler, en dernier lieu traiter) ; ceci d'autant applicable aux résidus des élevages qui sont en grande partie d'abord des engrais et amendements que seule leur surabondance transforme en « polluants ». Dans ce contexte, l'équilibre de l'insertion territoriale des élevages (notamment la capacité de recyclage de leurs résidus par retour au sol) et la transparence de la bonne gestion des résidus constituent les solutions les plus naturellement durables pour assurer la pérennité de leur conformité aux prescriptions réglementaires (Mallard, 2006, Burton et al., 2007). Pour ceux qui s'estimeraient dans l'incapacité de restaurer à moyen terme l'équilibre de leur insertion territoriale, la voie du traitement apparaît aujourd'hui comme la seule réponse envisageable.