En 2007, le Grenelle de l’environnement a souligné l’importance du phénomène de fragmentation des habitats comme l’une des causes de déclin de la biodiversité ce qui a abouti à l’engagement du programme Trame verte et bleue (TVB) sous la forme de Schémas Régionaux de Cohérence Écologique (SRCE). En 2011, le Ministère de l’écologie a engagé une réflexion nationale, pilotée par Irstea, sur le sujet du suivi et de l’évaluation du projet TVB et a sollicité à cet effet ses partenaires techniques. Le MNHN-SPN a ainsi formulé des propositions et notamment celle de recourir à l’outil moléculaire. L’idée est d’évaluer, grâce aux distances génétiques, l’évolution de l’état de fragmentation global à l’échelle de chaque région, milieu par milieu, entre l’avant SRCE et l’après SRCE. Pour étudier la pertinence et la faisabilité de cette proposition, Irstea et le MNHN-SPN ont sollicité plusieurs experts en génétique du paysage. A travers quelques exemples de projets et des échanges entre experts, ce rapport constitue ainsi un premier apport destiné à affiner ces questions de faisabilité. De nombreuses questions restent en suspens mais les différentes études menées par la recherche depuis quelques décennies confirment que l’outil moléculaire s’avère particulièrement pertinent pour l’objectif de suivi fixé par le Ministère de l’écologie. L’avantage fort de cet outil est qu’il répond à la question de la connectivité fonctionnelle (y a-t-il réellement des échanges entre populations ?) et pourrait ainsi permettre un diagnostic à l’échelle régionale ciblé sur la fragmentation, objet majeur de la TVB.