Malgré des actions visant à favoriser l’égalité professionnelle entre femmes et hommes au sein de la Fonction publique, les écarts de salaire y demeurent importants. L’objectif de l’étude présentée ici est d’identifier et de quantifier les principales sources des inégalités de rémunération totale parmi les agents titulaires, masculins et féminins, en distinguant fonction publique d’État (FPE), fonction publique hospitalière (FPH) et fonction publique territoriale (FPT). Si les différences de temps de travail constituent l’une des deux principales sources de l’écart de rémunération selon le sexe au sein de chaque fonction publique, c’est uniquement dans la fonction publique hospitalière que ce facteur en est la cause première. En revanche, c’est la ségrégation professionnelle dont une part non négligeable est verticale, i.e. provenant d’accès inégaux à la catégorie A+, à certains corps et grades, qui est la cause majeure de l’écart salarial dans les fonctions publiques d’État et territoriale. Ces résultats suggèrent de prendre ou de renforcer des mesures promouvant l’égalité de rémunération spécifiques à chaque fonction publique.