Pour répondre à l’exigence de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) prescrivant de maitriser la « confiance » et la précision lors de l’évaluation de la qualité des cours d’eau, l’étude des incertitudes des méthodes de surveillance et d’évaluation est nécessaire. Actuellement peu d’études existent, en particulier en ce qui concerne l’incertitude liée à la confusion taxinomique. Le présent travail s’est intéressé à l’impact des confusions de détermination taxinomique sur la méthode française d’évaluation à partir des macrophytes aquatiques, basée sur l’IBMR (indice biologique macrophytique en rivière). Nous nous sommes basés sur une démarche de consensus entre experts pour créer une matrice de confusion. Cette matrice, élaborée à une échelle nationale, a été couplée à une liste floristique issue des réseaux de surveillance DCE afin de générer de façon aléatoire, et selon les coefficients de confusion attribués par les experts, des listes floristiques comprenant des confusions taxinomiques. Ce protocole d’ana lyse permet de mesurer l’impact que peuvent avoir ces confusions taxinomiques, qui ont lieu dans la réalité, sur l’évaluation de la qualité des eaux. Les IBMR et classes d’état écologique obtenus ont alors pu être comparés aux IBMR et classes d’état originaux. Nous avons obtenu tout un panel d’écarts à l’origine et ainsi pu déterminer les couples impactant le plus l’IBMR et les classes d’état écologique, ainsi que les différences liées aux biotypes et régions où se situent les sites de surveillance. Ce travail a pour objectif de contribuer à identifier les sources d’incertitude des méthodes d’évaluation et estimer leur impact, dans le but de proposer des protocoles de prise en compte de ces niveaux de confiance ou des ajustements correctifs dans les méthodes nationales prescrites par les règlements pour l’évaluation de l’état écologique des cours d’eau.